Las políticas de Operación establecen las guías de acción para la implementación de las estrategias de ejecución de la entidad; define los límites y parámetros necesarios para ejecutar los procesos y actividades en cumplimiento de la función, planes, programas, proyectos y políticas de la administración del riesgo previamente definido por la organización.  

Las políticas de operación del proceso Control Interno a la Gestión de la Alcaldía de Santiago de Cali, fueron aprobadas por el Comité Coordinador de Control Interno en su sesión del ocho de abril de 2011 y las mismas fueron adoptadas por la administración central mediante Decreto 1038 de diciembre 9 de 2011.  No obstante, éstas se encuentran en estudio que conllevará a un proceso de mejora de las mismas.